История существования поселение отсчитывается с 1953 года. Как следует из архивных данных, на этот момент уже существовал Кулеевский сельсовет; точная дата его возникновения не установлена. В 1967 г. Кулеевский сельсовет был преобразован в Толпаровский. На тот момент в состав административно-территориального образования входило два посёлка: Толпарово и Неготка. Примерно в это же время возник новый населённый пункт, первоначально названный Киевский Ёган. В 1969 г. центр поселения был перенесён туда, хотя название сохранилось старое (Толпаровский сельсовет).
В жизни поселения важную роль играла лесозаготовка, однако отрасль в 1995 г. прекратила своё существование.
В 1993 г. сельсовет перестал существовать, на его месте была образована Толпаровская сельская администрация. С 2006 г. — Толпаровское сельское поселение (в соответствии с законом Томской области от 10.09.2004 г. № 201-ОЗ «О наделении статусом муниципального района, сельского поселения и установлении границ муниципальных образований на территории Каргасокского района»).
